Erkennung von (biologischen) Zellen mit Hilfe von watershed

WICHTIG: Der Betrieb von goMatlab.de wird privat finanziert fortgesetzt. - Mehr Infos...

Partner:

Forum

Option

[Erweitert]

• Diese Seite per Mail weiterempfehlen

Gehe zu:

DarkCell

Forum-Anfänger


	Beiträge: 11

	Anmeldedatum: 20.05.12

	Wohnort: ---

	Version: ---

Verfasst am: 02.04.2013, 16:30 Titel: Erkennung von (biologischen) Zellen mit Hilfe von watershed

Hey,
ich habe ein Bild, dass etwas verrauscht ist und mehre eingefärbte nuclei von Zellen zeigt. Nun möchte ich dieses Bild so segmentieren, dass ich die einzelnen Zellen voneinander abgrenzen kann.
Da ich noch neu bin bei der Bildverarbeitung mit Matlab habe ich mir erstmal verschiedene existierende Lösungen durchgelesen und bin über die folgende Lösung gestolpert:
http://blogs.mathworks.com/steve/2006/06/02/cell-segmentation/
Im Vergleich mit anderen Lösungen kann ich hier alle Schritte verstehen und mit ein wenig Anpassung habe ich damit auch schon gute Ergebnisse erzielt.
Mein Code sieht bisher so aus:

Code:

clear;
close all;

I = imread('Captured DAPI 20x 1.jpg');
figure, imshow(I),title('I')

Igray=I(:,:,3);
figure, imshow(Igray)

%I_eq = adapthisteq(Igray);
%figure, imshow(I_eq), title('I_eq')
I_eq=Igray;

bw = im2bw(I_eq, graythresh(I_eq));
figure, imshow(bw)

bw2 = imfill(bw,'holes');
figure, imshow(bw2)
bw3 = imopen(bw2, ones(5,5));
figure, imshow(bw3)

bw4 = bwareaopen(bw3, 40);
figure, imshow(bw4)

bw4_perim = bwperim(bw4);
figure, imshow(bw4_perim)

overlay1 = imoverlay(I_eq, bw4_perim, [.3 1 .3]);
figure, imshow(overlay1)

mask_em = imextendedmax(I_eq, 15);
figure, imshow(mask_em)

mask_em = imclose(mask_em, ones(5,5));
figure, imshow(mask_em)

mask_em = imfill(mask_em, 'holes');
figure, imshow(mask_em)

mask_em = bwareaopen(mask_em, 40);
figure, imshow(mask_em)

overlay2 = imoverlay(I_eq, bw4_perim | mask_em, [.3 1 .3]);
figure, imshow(overlay2)

I_eq_c = imcomplement(I_eq);

I_mod = imimposemin(I_eq_c, ~bw4 | mask_em);

L = watershed(I_mod);
figure, imshow(label2rgb(L))

figure, imshow(I_eq), hold on
himage = imshow(label2rgb(L));
set(himage, 'AlphaData', 0.3);
title('Lrgb superimposed transparently on original image')

Funktion ohne Link?

Wobei eben den größten Einfluss auf das Ergebnis die Erstellung der Maske hat:

Code:

mask_em = imextendedmax(I_eq, 15);

Funktion ohne Link?

Verringere ich den Parameter jedoch weiter, bekomme ich auch Marker in vielen anderen Regionen. Jedoch fehlen mir eben in manchen Nuclei noch Marker, sodass ich eben nicht immer zwei Zellen, die Nahe beieinander sind voneinander unterscheiden kann.
Daher die Frage:
Wie kann ich die Maske verbessern, sodass ich noch besser die Zellen voneinander unterscheiden kann?

Hier sind noch Bilder um das zu verdeutlichen:
Ausgangsbild: http://imageshack.us/a/img43/3669/captureddapi20x1.jpg
Und Ergebnisse:
http://imageshack.us/a/img839/8830/watershed.jpg
http://imageshack.us/a/img853/8989/watershedoverlay.jpg


Einstellungen und Berechtigungen
Beiträge der letzten Zeit anzeigen:	Du kannst Beiträge in dieses Forum schreiben. Du kannst auf Beiträge in diesem Forum antworten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht bearbeiten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht löschen. Du kannst an Umfragen in diesem Forum nicht mitmachen. Du kannst Dateien in diesem Forum posten Du kannst Dateien in diesem Forum herunterladen

Impressum | Nutzungsbedingungen | Datenschutz | FAQ |

RSS

Hosted by:

Copyright © 2007 - 2024 goMatlab.de | Dies ist keine offizielle Website der Firma The Mathworks

MATLAB, Simulink, Stateflow, Handle Graphics, Real-Time Workshop, SimBiology, SimHydraulics, SimEvents, and xPC TargetBox are registered trademarks and The MathWorks, the L-shaped membrane logo, and Embedded MATLAB are trademarks of The MathWorks, Inc.