Farbkodierter Scatterplot (3D Daten in 2D)

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mieminger

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Verfasst am: 22.11.2007, 09:01 Titel: Farbkodierter Scatterplot (3D Daten in 2D)

Hallo,
Ich bin neu in Eurem Forum und verwende Matlab hauptsächlich zur Bildanalyse im Bereich der Mikroskopie.
Ich will die Positionen von Strukturen in einer Aufnahme über die Zeit in 2D darstellen. Ich kann die x-und y- Koordinaten aus einer 'cell' auslesen als Vektoren. Ich habe zB 60 Bilder über die Zeit aufgenommen und die Koordinaten der Strukturen als "Cell" vorliegen. Die Idee ist nun entlang der 3. Dimension eine Colormap zu verwenden, sodass sich die Farbe abhängig von der Zeit ändert. Ich krieg zwar eine Colormap, es scheint sich um 'lines' zu handeln aber ich kann die colormap nicht beeinflussen.
'lines' kann ich nicht nehmen, weil diese map periodisch ist.
Ausserdem lege ich diese farbmarkierten Positionen über ein Bild drüber.
Siehe auch Beispiel.

Code:

imshow(maxpax_s);
for k=1:60
hold on
scatter(cent{1,k}(:,1),cent{1,k}(:,2),20,'o','filled');
axis ij;
end
hold off

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Vielen Dank für Eure Hinweise!!!

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steve

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Verfasst am: 22.11.2007, 09:30 Titel:

Hallo mieminger,

irgendwie hab ich noch nicht richtig verstanden, was genau du machen möchtest bzw. ich habe es folgendermaßen verstanden:

Du hast im Laufe der Zeit 60 Bilder mit Strukturen aufgenommen, welche ihre Position im Zeitverlauf ändern. Dann hast du aus jedem Bild die Postion der Strukturen ausgelesen. Diese Positionen sollen nun in einem Scatterplot farblich hervorgehoben werden, so dass jeder Zeitpunkt eine Farbe hat, richtig? Anschließend möchtest du diesen Scatterplot über ein anderes Bild legen?

Nach einem kurzen Blick in die Hilfe und auf deine Daten würde ich folgendes versuchen:
Definiere dir einen Vektor, in welchen du (bei 60 Bildern) 60 Farben definierst. Daraus kannst du dann in deiner Schleife für jedes Bild, also für jeden Zeitschritt einen Farbwert abgreifen.

Ich weiß leider nicht, ob das funktioniert - aber es wäre zumindest ein Ansatz für eine "definierte" Colormapm, denke ich.

Grüße
Alex
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mieminger

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Verfasst am: 22.11.2007, 10:09 Titel: Vektor?

Hi Alex,
Danke für Deine Antwort!
Du hast das alles völlig richtig wiedergegeben.

Was ich selbst nicht ganz verstehe ist
1) wie ich den Farb-Vektor definieren soll
2) Wie ich den dann in die Schleife für den Scatterplot einbinden kann?
3) Warum der Scatterplot im derzeitigen Zustand die Colormap 'lines' verwendet.

Am liebsten würde ich eine eingebaute Colormap (zB Jet aber nicht 'lines') verwenden und die Farben von dort entlang der Zeitachse der Reihe nach vergeben.

mieminger

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Verfasst am: 22.11.2007, 14:03 Titel:

Das Problem ist gelöst.
Danke Alex.

Code:

map=colormap(jet(si(3)));
colormap(map);
figure;
for k=1:si(3);
hold on
scatter(cent{1,k}(:,1),cent{1,k}(:,2),15,map(k,:),'filled');
%XAxisLocation('top');
axis ij;
colorbar;
caxis([1 si(3)]);
end
hold off

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steve

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Verfasst am: 22.11.2007, 14:07 Titel:

Das freut mich! Smile

Kannst du vllt. nochmal ein Bild posten oder mir per PN schicken - mich würd mal interessieren, wie es jetzt ausschaut Wink

Grüße
Alex
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mieminger

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Verfasst am: 07.01.2008, 13:12 Titel: Ergebnis

Hier bitte ein Beispiel!
Hab den Code oben nochmals leicht geaendert und jetzt auch noch die Strukturen eingezeichnet!

Danke für Eure Hilfe

Laughing

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