fMRT-Scan als 3D plot

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JeefoWin32

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Verfasst am: 12.08.2011, 11:46 Titel: fMRT-Scan als 3D plot

Tag,

ich versuche einen fMRT-Scan in einem 3D-Plot darzustellen. Der scan liegt als 3D-Matrix vor, jedoch weiß ich nicht wirklich wie ichs der plo3-Funktion übergebe, da diese entweder nur Vektoren oder gleichdimensionale Matrizen akzeptiert.
Die Matrix ist mit 61*73*61 auch nicht unbedingt qudratisch.

MfG

eupho

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Verfasst am: 12.08.2011, 12:01 Titel:

Schau mal nach dem Stichwort Volume Visualization, dazu gibt es viele unterschiedliche Herangehensweisen (thresholding, Triangulation etc) mit jeweils schönen Beispielen...

JeefoWin32

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Verfasst am: 12.08.2011, 20:43 Titel:

So hab mir heute die Finger dazu wund gegoogelt und einige Matlabscripts dazu ausprobiert, aber nichts klappt.
Hast du noch einen Tip? Wink

eupho

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Verfasst am: 12.08.2011, 21:24 Titel:

Das kann ich mir überhaupt nicht vorstellen, zumal ich nahezu das gleiche auch schon hinter mir habe.

Nur als Beispiel (aus der MATLAB Hilfe "Volume Visualization"):

Code:

figure;
colordef(gcf,'black')
load mri;
D = squeeze(D);
[x y z D] = subvolume(D, [nan nan nan nan nan 4]);
p = patch(isosurface(x,y,z,D, 5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');
p2 = patch(isocaps(x,y,z,D, 5), 'FaceColor', 'interp', 'EdgeColor', 'none');
isonormals(x,y,z,D,p);
view(3);
daspect([1 1 .4])
colormap(gray(100))
camva(9);
box on
camlight(40, 40);
camlight(-20,-10);
lighting gouraud

Funktion ohne Link?

Sco

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Verfasst am: 13.08.2011, 00:55 Titel:

Hallo,

suche in der Matlab Hilfe einmal nach MRI und lies dir die Hilfeseiten dazu durch. Ich denke da sind genug Beispiele gegeben.

PS. Im obigen Code sollte doch bestimmt:

Code:

p = patch(isocaps(x,y,z,D, 5), 'FaceColor', 'interp', 'EdgeColor', 'none');

und nicht

p = patch(isosurface(x,y,z,D, 5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none');

Funktion ohne Link?

verwendet werden? Das rot sieht doch gräßlich aus Smile

.

MFG

Sco

eupho

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Verfasst am: 13.08.2011, 09:30 Titel:

@Sco: Wie gesagt, nur aus der Hilfe kopiert Smile

Über Farben lässt sich bekanntermaßen streiten, wobei ich dir hier in jedem Falle recht gebe Smile

JeefoWin32

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Verfasst am: 13.08.2011, 13:18 Titel:

Ja das mit der Hilfe zur Darstellung von MRI Daten hab ich ja auch schon versucht, allerdings klappt das nicht so.
Ich bekomme dabei immer nur wilde Gebilde raus, aber wie ein Gehirn sieht es auch mit viel Phantasie (auch nicht, wenn man den Kopf dabei nach links neigt und leicht schielt) nicht aus.

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eupho

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Verfasst am: 13.08.2011, 14:52 Titel:

Dann liegt es eventuell auch an deinem Datensatz, hast du dir die Schichten einzeln (in 2D) schon angeschaut?

JeefoWin32

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Verfasst am: 13.08.2011, 15:58 Titel:

Ja anschauen geht. Habe es bislang in einer for-Schelife, dass er alle Schichten nacheinander durchläuft. Allerdings möchte ich im Hirn auch Voxel markieren, daher würde ich das gerne als 3D Modell darstellen können.
Nur eben da helfen mir die Matlab-Hilfe und einige 3D-Tools aus dem Netz auch nicht weiter.

eupho

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Verfasst am: 13.08.2011, 16:06 Titel:

Lade doch mal den Datensatz hoch und ich schau mal danach..

Alex79

Gast


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Verfasst am: 05.11.2013, 10:32 Titel: Matlab

Hallo!
Ich suche schon verzweifelt Crying or Very sad

im Internet nach einer kostenlosen Version des Programmes Matlab. Das brauche ich für eine Übung im GK Bildgebung und Läsion an der Nawi in Salzburg.
Könnte mir da vielleicht jemand weiterhelfen Idea

???

Viielen Dank und LG
Alex


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