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| adomad |
Forum-Newbie
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Verfasst am: 28.01.2008, 23:06
Titel: getblast, blastread
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Hallo Matlab Community,
ich werde langsam fuxig. Ich weiss nicht so recht was ich falsch mache.
Ich gehe ganz stumpf nach der Erklärung in der Help datei vor, jedoch bekomme ich immer eine Fehlermeldung, die ich nach längerem Durchschauen der Quelldatei trotzdem nicht verstehe.
Folgende Funktion möchte ich folgendermassen benutzen (aus der Help datei original kopiert):
1.) Create a BLAST request with a GenPept accession number.
RID = blastncbi('AAA59174', 'blastp', 'expect', 1e-10)
2.) Pass the RID to getblast, download the report and save the report to a text file.
getblast(RID, 'ToFile' ,'AAA59174_BLAST.rpt')
3.) Using the saved file, read the results into a MATLAB structure.
results = blastread('AAA59174_BLAST.rpt')
Folgendes: bei Schritt 2 kommt folgende Fehlermeldung:
??? Error using ==> blastread at 79
File does not contain valid BLAST results.
Kann mir jemand bitte helfen. Ich weiss nicht was ich falsch mache.
Vielen Dank für eure Hilfe.
Grüsse
AdoMad
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| nschlange |
Ehrenmitglied
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Verfasst am: 29.01.2008, 10:59
Titel:
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Hi,
davon habe ich noch nie was gehört, aber hast Du mal auf der NCBI Homepage? Vielleicht haben die ja was an dem Format geändert?!
In der Hilfe hab ich auch ein verlinktes Tutorial dazu gesehen.
_________________
Viele Grüße
nschlange
"Chuck Norris ejakuliert fluessigen Stahl!"
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| adomad |
Themenstarter
Forum-Newbie
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Verfasst am: 29.01.2008, 22:51
Titel:
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Hast du mal diese drei Befehle bei dir ausprobiert? Ich würde gerne wissen ob das bei euch auch so ist. Oder ob es bei euch funktioniert und vielleicht irgendwas einstellungstechnisch bei mir falsch ist.
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| nschlange |
Ehrenmitglied
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Verfasst am: 29.01.2008, 23:05
Titel:
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>> RID = blastncbi('AAA59174', 'blastp', 'expect', 1e-10)
RID =
TZ8RGXGA015
>> getblast(RID, 'ToFile' ,'AAA59174_BLAST.rpt')
Blast results are not available yet. Please wait ...
??? Error using ==> getblast at 174
BLAST TZ8RGXGA015 is unavailable - try later.
>>
_________________
Viele Grüße
nschlange
"Chuck Norris ejakuliert fluessigen Stahl!"
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