Hilfe bei Bioinformatics Toolbox

WICHTIG: Der Betrieb von goMatlab.de wird privat finanziert fortgesetzt. - Mehr Infos...

Partner:

Forum

Option

[Erweitert]

• Diese Seite per Mail weiterempfehlen

Gehe zu:

Mala

Forum-Newbie


	Beiträge: 3

	Anmeldedatum: 26.05.11

	Wohnort: ---

	Version: ---

Verfasst am: 26.05.2011, 20:51 Titel: Hilfe bei Bioinformatics Toolbox

Hallo,

ich bin ein absoluter Matlab-Neuling. Soll mich jetzt mit der Demo zu "Exploring Primer Design" (unter help>bioinformatics toolbox>demos>sequence analysis>exploring primer design) auseinandersetzen und jeden Befehl erklären können.
Die ersten Befehle und Zuweisungen sind noch ok. Dann kommt die erste Schleife

Code:

N = length(sequence)
M = 20
index = repmat((0:N-M)',1,M)+repmat(1:M,N-M+1,1);
fwdprimerlist = sequence(index);

for i = N-19:-1:1
fwdprimerprops(i) = oligoprop(fwdprimerlist(i,:));
end

Funktion ohne Link?

Was genau passiert hier?
Und was macht die Funktion cellfun?

Ich bin echt ein wenig aufgeschmissen mit der Hilfefunktion versteh ich leider auch nicht viel.

Andreas Goser

Forum-Meister


	Beiträge: 3.654

	Anmeldedatum: 04.12.08

	Wohnort: Ismaning

	Version: 1.0

Verfasst am: 27.05.2011, 14:03 Titel:

Hallo Mala,

CELLFUN kann man recht einfach mit einem Beispiel aus der Hilfe erklären:

Code:

C = {1:10, [2; 4; 6], []};
Cmeans = cellfun(@mean, C)

Funktion ohne Link?

Hier wird also die Mittelwertfunktition auf alle Zellen angewendet. Gäbe es CELLFUN nicht müsste man das recht umständlich über Schleofen lösen.

In den meisten praktischen Fällen werden wohl aber eigene Funktionen auf die Daten angewendet.

Andreas

Andreas Goser

Forum-Meister


	Beiträge: 3.654

	Anmeldedatum: 04.12.08

	Wohnort: Ismaning

	Version: 1.0

Verfasst am: 27.05.2011, 14:06 Titel:

Zitat:

Soll mich jetzt mit der Demo zu "Exploring Primer Design" auseinandersetzen und jeden Befehl erklären können.

Ist das Teil einer Lehrveranstaltung oder wird das Produkt gerade getestet? Je nach Antwort schlage ich nämlich einer andere Vorgehensweise vor.

Andreas

Mala

Themenstarter

Forum-Newbie


	Beiträge: 3

	Anmeldedatum: 26.05.11

	Wohnort: ---

	Version: ---

Verfasst am: 27.05.2011, 14:27 Titel: Hi Andreas

Also mein größtes Problem ist hier wohl, dass ich einfach kaum Matlab-Befehle kenne. Sad

So also zu cellfun:
mean ist dann wohl die Mittelwertfunktion und cellfun ermöglicht es, dass diese auf alle Zellen der Matrix angewendet wird ohne Schleifen schreiben zu müssen. Soweit klar. Dankeschön!

Jetzt zu der Toolbox:
Ich bin Studentin der Molekularen Biologie und soll diese Demo im Rahmen einer Bioinformatik-Vorlesung erklären. Vermutlich reicht es, wenn ich einfach nur grob sage, was man mit diesem Programm machen kann und wie einfach es damit ist einen passenden Primer zu finden der alle Kriterien erfüllt. Aber ich möchte da nicht mit Halbwissen (oder noch weniger) stehen. Damit fühle ich mich nicht wohl.
Allerdings sehe ich jetzt schon, dass dies wohl ein ganz schönes Mehr an Aufwand für mich bedeutet.
Was würdest du dazu vorschlagen?

Grüße,

Mala

Andreas Goser

Forum-Meister


	Beiträge: 3.654

	Anmeldedatum: 04.12.08

	Wohnort: Ismaning

	Version: 1.0

Verfasst am: 30.05.2011, 07:19 Titel:

OK, d.h. also es sind so aus als wäre die Toolbox im aktiven Einsatz und die Erläuterung ist ein Teil der Massnahmen um allen Studis die Tools nahezubringen.

Generell fände ich es empfehlenswert so vorzugehen, dass die Zuhörer nicht abgeschreckt werden (O-Ton einer mir bekannten Biologiestudentin, "Ih, Programmieren, wozu habe ich denn Mathe im Abi abgewählt?!). Die Message könnte sein: Früher hätte man Low-Level Computersprachen lernen müssen oder wir Biologen hätten uns auf andere verlassen müssen. Jetzt geht das in nur 100 Zeilen MATLAB und wir haben es selber im Griff.

Ich finde die Internetdarstellung der Demo recht gut:

http://www.mathworks.com/products/b.....g/bioinfo/primerdemo.html

Sie gibt schon eine Struktur vor. Ich würde gar nicht die Details der Befehle erläutern. Also statt der Erklärung vion 5 Grafik besfehlen: "Hier wird die Grafik erstellt und angepasst".

Andreas

Mala

Themenstarter

Forum-Newbie


	Beiträge: 3

	Anmeldedatum: 26.05.11

	Wohnort: ---

	Version: ---

Verfasst am: 30.05.2011, 13:18 Titel:

Ja genau anhand dieser Demo wollte ich das darstellen. Hab ich mir schon fast gedacht dass es zu langweilig wird, wenn man die einzelnen Befehle haarklein erläutert Smile

Bin mir nur über das Medium noch nicht einig. Wenn ich die Befehle in eine Powerpoint-Präsentation packe, sieht das sehr abschreckend aus. Wenn ich das in Matlab vormache könnte das im Chaos enden, oder aber sehr sehr lange dauern...

Mal schauen.

Danke Dir!

Mala


Einstellungen und Berechtigungen
Beiträge der letzten Zeit anzeigen:	Du kannst Beiträge in dieses Forum schreiben. Du kannst auf Beiträge in diesem Forum antworten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht bearbeiten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht löschen. Du kannst an Umfragen in diesem Forum nicht mitmachen. Du kannst Dateien in diesem Forum posten Du kannst Dateien in diesem Forum herunterladen

Impressum | Nutzungsbedingungen | Datenschutz | FAQ |

RSS

Hosted by:

Copyright © 2007 - 2024 goMatlab.de | Dies ist keine offizielle Website der Firma The Mathworks

MATLAB, Simulink, Stateflow, Handle Graphics, Real-Time Workshop, SimBiology, SimHydraulics, SimEvents, and xPC TargetBox are registered trademarks and The MathWorks, the L-shaped membrane logo, and Embedded MATLAB are trademarks of The MathWorks, Inc.