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ImageJ-Stack mit Matlab definieren |
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| Borste |
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Verfasst am: 18.04.2013, 16:23
Titel: ImageJ-Stack mit Matlab definieren
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Hallo Leute,
ich habe in ImageJ einen Stack von Bildern. Diese legt ImageJ automatisch hintereinander mit dem selben Abstand, also:
Bild 1: z=0
Bild 2: z=1
Bild 3: z=2
Bild 4: z=3
usw.
Ich möchte aber nun jeden Abstand selbst manuell eingeben/definieren, da meine Schliffbilder nicht immer im selben Abstand zueinander sind, also die z-Werte für jedes Bild ändern. Kann mir da jemand weiterhelfen, wie ich das vllt schon in ImageJ direkt hinbekomme oder sonst in Matlab? Den Stack in Matlab einlesen ist kein problem, nur komme ich dann nicht weiter..
Vielen Dank
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| Jan S |
Moderator
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Verfasst am: 21.04.2013, 02:22
Titel: Re: ImageJ-Stack mit Matlab definieren
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Hallo Borste,
Ich sehe den Bezug zu Matlab noch nicht. Du kannst also den "Stack von Bildern" (was ist das?) in Matlab importieren. In welchen Typ von Variable? Wie ist der Z-Wert dort gespeichert? Wie möchtest Du ihn ändern? Wie wird dies zur Weiterverarbeitung benötigt?
Gruß, Jan
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| Borste |
Themenstarter
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Verfasst am: 22.04.2013, 16:53
Titel:
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Also: Ein Stack sind mehrere Bilder hintereinandergereiht. Diese speicher ich dann im Format .tif um sie in Matlab importieren zu können. Wenn ich wüsste wie und wo dieser z-Wert gespeichert ist, hätte ich keine Fragen mehr.. ; )
Mein Problem ist also genau dieses! Ich weiß nicht wie und wo der z-Wert eines jeden Bildes definiert/gespeichert ist, um mir diesen dann in Matlab ausgeben zu lassen und neu zu setzen.
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| Jan S |
Moderator
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Verfasst am: 22.04.2013, 21:21
Titel:
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Hallo Borste,
Ich kann Dir nicht folgen.
| Zitat: |
Bild 1: z=0
Bild 2: z=1
Bild 3: z=2
Bild 4: z=3 |
Das sieht so aus, als hättest Du Informationen darüber, dass die Z-Informationen irgendwo gespeichert sind. Wieso meinst Du, dass die Z-Werte überhaupt im TIFF gespeichert sind?
Wenn Du die Z-Werte selbst definieren möchtest, wieso machst Du das nicht einfach? Du könntest ja das TIFF importieren und in Matlab eine Variable "Z" mit den Z-Werten als Vektor definieren. Was hindert Dich also daran?
Gruß, Jan
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| Borste |
Themenstarter
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Verfasst am: 23.04.2013, 10:20
Titel:
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Hi, danke erstmal für deine Mühe.
Nein, ich habe keine Informationen darüber, wo die z-Werte gespeichert sind. In ImageJ wird jedem Pixel eines Bildes ein x und y Wert zugeordnet.
Wenn man nun mehrere Bilder hintereinander packt bekommen die Bilder zusätzlich z-Werte. Die x und y Werte kann ich mir in Matlab durch "Height" und "Width" ausgeben lassen(sind also nicht als x und y definiert). Nur wie ImageJ die z-Werte abspeichert weiß ich nicht, daher weiß ich nicht wie ich sie mir ausgeben lassen kann und kann so auch keine neuen Werte definieren.
Um von ImageJ eine Datei in Matlab zu importieren muss man diese als .tiff übergeben, anders geht es nicht. Welches Format die Datei hat ist aber sowieso nebensächlich.
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