mit fread Matrix einlesen

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magu_

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Verfasst am: 22.12.2011, 14:08 Titel: mit fread Matrix einlesen

Hallo zusammen

Ich möchte gern ein Binary einlesen wobei das so aufgebaut ist dass zuerst

A(1) B(1) C(1) A(2) B(2) C(2) ... aufgebaut ist wobei A,B,C die jeweiligen Datensätze sind. An der Struktur kann ich nichts rütteln.

Jetzt haben A,B,C jeweils unterschiedliche Datentypen.

Was ich bis jetzt habe ist:

Code:

for i=1:out.n_col, for j=1:n_col
out.(col_name{j}).Value(i) = fread(fid,1,type{j},'l');
end, end

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wobei type - ein Cell ist mit einträgen int32 & double. Value wurde zuvor schon initialisiert mit der richtigen Grössem (mittels zeros).

Dies funktioniert auch, ist leider nur sehr langsam da fread. sehr oft aufgerufen wird. (in meinem fall 1.4M).

Das Problem ist dass ich nicht weiss wie man fread über mehrere datentypen grassen lassen kann.

Aus type ein String machen mit den Datentypen geht nicht...

Ich hoffe mal hier hat jemand mehr Ahnung von der Materie und danke schon mal im Vorraus all denen die sich Zeit nehmen.

Gruss
Magu_

Sirius3

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Verfasst am: 22.12.2011, 14:51 Titel:

Hallo Magu_

Das Problem ist, dass fread nur einen Datentyp lesen kann.
Stattdessen kann man nach jedem Element eine bestimmte Anzahl an Bytes überspringen.
In Deinem Fall also sowas wie:

Code:

fid = fopen('daten.bin', 'r');
A=fread(fid,num_rows,'int32',12);
fseek(fid,4,'bof');
B=fread(fid,num_rows,'int32',12);
fseek(fid,8,'bof');
C=fread(fid,num_rows,'double',8);
fclose(fid);

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Gruß
Sirius

Jan S

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Verfasst am: 22.12.2011, 14:54 Titel: Re: mit fread Matrix einlesen

Hallo magu_,

Ich verstehe den 4. Input 'l' von FREAD nicht. Um wieviel bytes "skipped" dies?

Du kannst versuchen das zu vereinfachen, was den Aufwand für die Indizierung erspart:

Code:

nBlock = out.n_col;
A = zeros(1, nBlock, 'int32'); % Ich rate mal, dass es diese Verteilung ist
B = zeros(1, nBlock);
C = zeros(1, nBlock, 'int32');

for i = 1:nBlock
A(i) = fread(fid, 1, '*int32');
B(i) = fread(fid, 1, 'double');
C(i) = fread(fid, 1, '*int32');
end

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Gruß, Jan

magu_

Themenstarter

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Verfasst am: 22.12.2011, 15:29 Titel: gelöst

Hallo zusammen

Danke für die Tipps. Der Tipp mit Skip hat das script von 15sec unter eine halbe gebracht. Danke Sirius3.

@ Jan: 'l' steht für little endian. Da ich die ganze Zeit zwischen unix/win wechsle einfach so zur sicherheit...

Gruss
Magu_

Jan S

Moderator


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Verfasst am: 22.12.2011, 17:54 Titel: Re: gelöst

Hallo magu_,

Ich kenne 'l' als 4. Input von FOPEN, aber nicht von FREAD. Auch in der Dokumentation find ich nicht passendes: http://www.mathworks.de/help/techdoc/ref/fread.html.

Leider kann ich die Laufzeit nicht selbst testen, da ich die entsprechenden Daten nicht habe. Mich würde aber interessieren, wie schnell die vereinfachte Schleifen-Methode im Vergleich ist.
Mit der Skip-Methode werden ja nur drei FREAD-Befehle aufgerufen, dafür muss das gesamte File aber dreimal vollständig bearbeitet werden. Da allerdings das gesamte File nach dem ersten FREAD wohl im File-Cache liegt, sollte die Methode von Sirius3 am schnellsten sein. Vielleicht aber auch nicht...

Gruß, Jan


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