"mzcdfread" ohne Ausgabe in command windows

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openalex

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Verfasst am: 02.06.2014, 15:06 Titel: "mzcdfread" ohne Ausgabe in command windows

Hallo zusammen,

ich benutzte aus der Bioinformatic Toolbox mzcdfread, um Massenspektrometer Dateien auszulesen. Das funktioniert prima, außer das ich immer eine ausgabe im command window erzeuge, die mich stört. Mich wundert das, denn ich habe hinter dem Befehl ein Semikolon gesetzt.

Hat jemand eine Idee?

Code:

out = mzcdfread(filename);

mzcdf_struct = mzcdfread(filename);
[peaks,time] = mzcdf2peaks(mzcdf_struct);

Funktion ohne Link?

Code:

Reading filename: des-trans-pro-04-01.cdf
Number of dimensions: 13 Unlimited Dimension: 12
Number of variables: 20 Number of attributes: 37

Exploring global netCDF attributes:
dataset_completeness -> C1+C2
ms_template_revision -> 1.0.1
administrative_comments ->
dataset_owner ->
experiment_title ->
experiment_date_time_stamp -> 20140313124252+0100
netcdf_file_date_time_stamp -> 20140428091703+0000
experiment_type -> Centroided Mass Spectrum
netcdf_revision -> 2.3.2
operator_name -> lcq-messen
source_file_reference -> L:\daten\Alex\Matlab\ImportMS\des-trans-pro-04-01.RAW
source_file_date_time_stamp -> 20140313124252+0100
source_file_format -> Finnigan
languages -> English
external_file_ref_0 ->
instrument_number -> 1.000000
sample_prep_comments -> DBDI @ 3.10 kV mit 250 ml/min, Transport 250 ml/min, T = 100 °C
sample_comments -> 2 µL Pro @ c = 10^-4 mol (flüssig)
test_separation_type -> Reverse Phase Liquid Chromatography
test_ms_inlet -> Other Inlet
test_ionization_mode -> Atmospheric Pressure Chemical Ionization
test_ionization_polarity -> Positive Polarity
test_detector_type -> Conversion Dynode Electron Multiplier
test_scan_function -> Mass Scan
test_scan_direction ->
test_scan_law -> Linear
number_of_scans -> 315.000000
raw_data_mass_format -> Double
raw_data_intensity_format -> Long
actual_run_time -> 202.090000
actual_delay_time -> 0.220000
global_mass_min -> 100.000000
global_mass_max -> 500.000000
calibrated_mass_min -> 0.000000
calibrated_mass_max -> 0.000000
mass_axis_label -> M/Z
intensity_axis_label -> Abundance

Exploring netCDF dimensions:
Name Length Dim_ID
_2_byte_string 2 1
_4_byte_string 4 2
_8_byte_string 8 3
_16_byte_string 16 4
_32_byte_string 32 5
_64_byte_string 64 6
_80_byte_string 80 7
_128_byte_string 128 8
_255_byte_string 256 9
scan_number 315 10
instrument_number 1 11
error_number 1 12
point_number 1890000 13

Reading netCDF variables:
Name Type Dim_ID NumAtt
error_log 2 6 12 0
instrument_name 2 5 11 0
instrument_id 2 5 11 0
instrument_mfr 2 5 11 0
instrument_model 2 5 11 0
instrument_sw_version 2 5 11 0
instrument_os_version 2 5 11 0
scan_index 4 10 0
point_count 4 10 0
flag_count 4 10 0
a_d_sampling_rate 6 10 0
scan_acquisition_time 6 10 0
scan_duration 6 10 0
mass_range_min 6 10 0
mass_range_max 6 10 0
scan_type 4 10 0
resolution 6 10 0
total_intensity 6 10 1
units -> Total Counts
mass_values 6 13 2
scale_factor -> 1.000000
units -> M/Z
intensity_values 4 13 2
scale_factor -> 1.000000
units -> Arbitrary Intensity Units

Funktion ohne Link?

openalex

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Verfasst am: 02.06.2014, 15:09 Titel:

Jetzt habe ich gerade in der Hilfe gesehen, dass es folgende Möglichkeit gibt:

Code:

mzcdf_struct = mzcdfread(filename, 'Verbose', false);

Funktion ohne Link?

Wobei ich hier sowohl für true, als auch false eine Ausgabe erzeuge Rolling Eyes

denny

Supporter


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Verfasst am: 02.06.2014, 15:24 Titel:

Hallo

da muss aufpassen, in dem Beispielcode oben nutzt du 2 Mal mzcdfread. Also das kann ja auch daran liegen, dass Verbose-Option keine Wirkung zeigt. Prüfe das, ob in deinem Code das richtig ist.

openalex

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Verfasst am: 02.06.2014, 15:46 Titel:

Ja, das war der Fehler! Danke!


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