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| mkara |
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Verfasst am: 04.01.2013, 17:24
Titel: Parameter Optimierung
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Hi, koennt ihr mir vllt. weiterhelfen. Also ich hab folgendes Problem. Ich hab ein exp. Daten als Vektor. Jetzt moechte ich eine Art Scoring Funtion die von mehren Parametern abhaengt und meine exp. Daten beschreibt. Ich habe 4 verschiedene Parameter die in die Scoring Funktion einfliessen. Was ich brauche ist die Gewichtung der einzelnen Parameter. Also Score=x1*Parameter1 + x2*Parameter2 + x3*Parameter3 +x4*Parameter4 sollte an exp. Wert angepasst werden. Die Werte Parameter 1 bis 4 sind bekannt. Wie macht man sowas am besten??x1 bis x4 muessen abgeschaetzt werden. ich gehe hierbei von einem lin. zusammenhang aus.
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| Harald |
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Verfasst am: 04.01.2013, 17:33
Titel:
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Hallo,
als lineares Gleichungssystem aufstellen:
Dabei müssen alle Vektoren Spaltenvektoren sein.
Grüße,
Harald
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| mkara |
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Verfasst am: 09.01.2013, 18:41
Titel:
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Hallo Harald, danke für deine antwort. Parameter1,...2 sind die jeweiligen Spaltenvektoren und x der experimentelle wert? die werte vom Score sind ja nicht bekannt, weil die gewichtung der parameter nicht bekannt ist.
danke
vg
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| Harald |
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Verfasst am: 09.01.2013, 18:59
Titel:
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Hallo,
bitte sage nochmal genau, was nun bekannt ist und was nicht.
Es ist generell nicht sinnvoll, x1 bis x4 und Score nicht zu haben, weil man Score ja für jede beliebige x1 bis x4 ja einfach berechnen könnte.
Und was sind die "experimentellen Werte"?
Grüße,
Harald
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| mkara |
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Verfasst am: 09.01.2013, 19:12
Titel:
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die exp. werte sind signalintensitäten von DNA-Microarray Hybrisierungen. Parameter 1...4 sind berechnete Eigenschaften der DNA. Ziel ist es die Hybrisierungseffiziens vorherzusagen, also einen Art Score zu ermitteln für jede Seq. Die Frage ist welche Eigenschaft wie stark in diesen Score einfliesst. Annahme ist hierbei ein lin. Zusammenhang zwischen den Eigenschaften und der Hybridisierungseffiziens. Im Grunde habe ich eine Matrix, wo in der ersten Spalte die Hybridisierungseffiziensen stehen und in den restlichen 4 spalten die berechneten Eigenschaften der DNA-Seq. Ziel es es eine Funktion zu haben deren Eingabe die DNA-Seq. ist und deren Ausgabe eine vorhergesagte Hybrisierungseffiziens. Die vorhergesagte Hyb. Effiziens hängt hierbei wie gesagt, von den Parametern 1 bis 4 ab, die Frage ist nur wie stark die jew. Parameter in die Berechnung einfliessen.
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| mkara |
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Verfasst am: 09.01.2013, 19:14
Titel:
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ich muss x1...bis x4 so wählen, dass die diff. zwischen Score und exp. Wert minimiert wird.
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| mkara |
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Verfasst am: 09.01.2013, 19:16
Titel:
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Score=x1*EigenschaftA+x2*EigenschaftB+x3*EigenschaftC+x4*EigenschaftD
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| Harald |
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Verfasst am: 09.01.2013, 20:10
Titel:
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Hallo,
d.h. Score sind die (bekannten) Hybridisierungseffizienzen?
Da ich kein Biologe bin, kann ich mit den DNA- Geschichten nichts anfangen.
| Zitat: |
| wo in der ersten Spalte die Hybridisierungseffiziensen stehen und in den restlichen 4 spalten die berechneten Eigenschaften der DNA-Seq. |
D.h. es sind insgesamt 5 Spalten? Wo sind denn in deiner Gleichung diese Hybridisierungseffizienzen?
Grüße,
Harald
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| mkara |
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Verfasst am: 09.01.2013, 20:59
Titel:
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der Score sind die anhand der parameter berechneten Hybridisierungseffiziensen. Die exp. Daten sind "Trainingsdaten" die dafür verwendet werden sollen die Gewichtung der Parameter zu bestimmen.
Spalte1=exp. Wert.
Spalte2=EigenschaftA
Spalte3=EigenschaftB
Spalte4=EigenschaftC
Spalte5=EigenschaftD.
Wenn y=exp.Wert ist, dann soll Score=x1*EigenschaftA+x2*EigenschaftB+x3*EigenschaftC+x4*EigenschaftD möglichst nah an y sein.
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| Harald |
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Verfasst am: 09.01.2013, 21:49
Titel:
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Hallo,
ja, das y war die entscheidende Info, die gefehlt hat. Dann also so:
Das gibt die x-Werte, und daraus kannst du dann die Scores errechnen.
Grüße,
Harald
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