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textscan für CSV-ähnliche Datei
 

Nicolas S.
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Version: R2014a/b
     Beitrag Verfasst am: 15.05.2024, 08:46     Titel: textscan für CSV-ähnliche Datei
  Antworten mit Zitat      
Guten Morgen,

nach langer Matlab-Abstinenz versuche ich mich wieder darin, CSV-ähnliche Daten per Matlab einzulesen.

Die Daten sind in einer Textdatei, die als zwei CSV-Dateien hintereinander, getrennt durch eine Leerzeile, betrachtet werden kann.

Die erste Hälfte ist kurz und macht keine Probleme. Die zweite Hälfte ist ziemlich lang; die anhgehängte Dummy-Datei zum Texten ist stark gekürzt. Deswegen ist ein zeilenweises Einlesen mit fgetl() keine Option.

Die Datei endet immer auf eine Leerzeile.

Mein Ansatz:

Code:

% Test Dummy read
% Suche nach Einlesefehler textscan

clear all
close all

filename = './dummyFile.txt'


fid = fopen(filename);

% Dummy-Reads fuer Umgang mit File Header
fgetl(fid);
fgetl(fid);
fgetl(fid);


%% Eigentliches Problem

% Table Header Data
% Table Header is one single line of double-quote delimited strings
delimiter = ';'

line = fgetl(fid);
Rawdata.Header = strsplit(line, delimiter)
Rawdata.Header

% Format-Spec aus Tebellekopf basteln
TblFmt = cell(size(Rawdata.Header));
for i = 1:numel(TblFmt)
    if( strcmpi(Rawdata.Header{i}, '"Activity"') )
        % Textmarker Variante 1
        TblFmt{i} = '%s';

    elseif( strcmpi(Rawdata.Header{i}, '"Marker"') )
        % textmarker Variante 2
        TblFmt{i} = '%s';
       
    else
        TblFmt{i} = '%f';
    end
end
formatSpec = strjoin(TblFmt, delimiter)


nrows = -1;
r = 0;
c = 0;

Result  = textscan(fid, formatSpec, nrows, 'headerlines', r, 'headercolumns', c,...
    'returnonerror', false, 'emptyvalue', 0, 'CollectOutput', true)


fclose(fid);
 



Ich nutze den (zweiten) Tabellenkopf, um zwischen Text- und Zahlenspalten zu unterscheiden. Daraus bastele ich einen Formastring für textscan(). Letzteres scheint sich allerdings an leeren Text-Zellen zu verschlucken.

Ausgabe:
Code:

formatSpec =

%f;%s;%s;%f;%f;%f;%f

Error using textscan
Mismatch between file and format string.
Trouble reading literal string from file (row 1u, field 4u) ==> \n

Error in TestReadDummyFile (line 51)
Result  = textscan(fid, formatSpec, nrows, 'headerlines', r, 'headercolumns', c,...
 


Dass es wohl die leere Textspalte ist, entnehme ich der Tastsache, dass das Ergebnis bei 'returnonerror' = true so aussieht:

Code:

>> Result{:}

ans =

     0


ans =

    '"Activity";;-5.543526208;-31.56863234;-1.071612148;-1.182342353'    []


ans =

   Empty matrix: 0-by-4

>>
 



Hat jemand einen Tipp für mich?

Viele Grüße
Nicolas

TestReadDummyFile.m
 Beschreibung:

Download
 Dateiname:  TestReadDummyFile.m
 Dateigröße:  1.07 KB
 Heruntergeladen:  104 mal
DummyFile.txt
 Beschreibung:

Download
 Dateiname:  DummyFile.txt
 Dateigröße:  867 Bytes
 Heruntergeladen:  102 mal

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Nicolas S.
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     Beitrag Verfasst am: 15.05.2024, 11:20     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Um sicher zu gehen, dass zeilenweise einlesen wirklich inakzeptabel langsam ist, habe ich es ausprobiert. Leider lag ich richtig.

Code:

% Test Dummy read
% Suche nach Einlesefehler textscan

clear all
close all

file = './dummyFile.txt'
file = './VP01_mittelgrossedatei.csv'


fid = fopen(file);

% Dummy-Reads fuer Umgang mit File Header
fgetl(fid);
fgetl(fid);
fgetl(fid);


%% Eigentliches Problem

% Table Header Data
% Table Header is one single line of double-quote delimited strings
delimiter = ';'

line = fgetl(fid);
Rawdata.Header = strsplit(line, delimiter)
Rawdata.Header

% Format-Spec aus Tebellekopf basteln
TblFmt = cell(size(Rawdata.Header));
for i = 1:numel(TblFmt)
    if( strcmpi(Rawdata.Header{i}, '"Activity"') )
        % Textmarker Variante 1
        TblFmt{i} = '%s';

    elseif( strcmpi(Rawdata.Header{i}, '"Marker"') )
        % textmarker Variante 2
        TblFmt{i} = '%s';
       
    else
        TblFmt{i} = '%f';
    end
end
formatSpec = strjoin(TblFmt, delimiter)


nrows = -1;
r = 0;
c = 0;

if 0
    % Textscan verschluckt sich an leeren Textzellen
    Result  = textscan(fid, formatSpec, nrows, 'headerlines', r, 'headercolumns', c,...
        'returnonerror', true, 'emptyvalue', 0, 'CollectOutput', true)

    fclose(fid);
   
elseif 0
    % -> DLMread unterstuetzt keine Textzellen
   
     fclose(fid);

    % Read Table body data
    % dlmread starts with zero-index
    nLineHeader = 5;
    Rawdata.table = dlmread(file, delimiter , nLineHeader, 0);

elseif 1
    % Zeilenweise einlesen
    % extrem langsam selbst bei moderaten Dateigroessen (25 kB),
    % abgebrochen nach 5 Minuten
       
    tic
   
    % Tabellenzeilen (restliche Dateilaenge) zaehlen
    tblStart  = ftell(fid);
    nLines = 0;
    while ~feof(fid)
        line = fgetl(fid);
        nLines = nLines+1;
    end
    nLines;
    fseek(fid, tblStart, 'bof');
   
    % Eine Leerzeile am Ende
    nLines = nLines - 1;
   
    % Tabelle einlesen
    Result = cell(nLines, numel(TblFmt));
    for i = 1:nLines
        line = fgetl(fid);
        Ci = strsplit(line, delimiter, 'CollapseDelimiters', false);
        Result(i,:) = Ci;
    end
   
    fclose(fid);    
   
    toc
   
end
 

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Nicolas S.
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     Beitrag Verfasst am: 15.05.2024, 11:35     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Nachtrag: readtable() funktioniert und ist schnell genug.
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